Վահան Թոթովենցը ծնվել է Արևմտյան Հայաստանի Բալուի գավառակի, Եփրատի ափին գտնվող Դավթիկ գյուղում, որն Խարբերդ գավառի կառավարության նստավայրն էր։ Վահանի հայրը Ակնի մեծահարուստ Թոթովայենց գերդաստանից էր, որոնք 18-րդ դարում ուրիշ հայ վերապրող ընտանիքների հետ տեղափոխվել էին Մեզրե։

1915 թվականին մոտ 400 ամերիկահայ կամավորների հետ Թոթովենցը ուղևորվում է կովկասյան ռազմաճակատ, ուր մասնակցում է ազատագրական պայքարին։ Սակայն Արևմտյան Հայաստանի մեկ մասը գրավելուց հետո, Ռուսական կառավարությունը որոշում է ցրել հայկական խմբերը։ Վահան Թոթովենցը մի քանի ամիս աշխատում է որպես ուսուցիչ փախստականների մոտ։

1917-1918 թվականներին Թիֆլիսում խմբագրում է զորավար Անդրանիկի հրատարակած «Հայաստան» օրաթերթը, մասնակցում է Անդրկովկասի մշակութային կյանքին։

Վ.Թոթովենցը զոհ դարձավ ստալինյան բռնարարքներին. բանտարկվել է 1936-ին, 1938-ին գնդակահարվել է: